平凡都市的喧嚣角落，隐藏着一家只在黄昏后亮灯的神秘杂货店。推开斑驳的木门，映入眼帘的是满墙奇特的瓶罐与古物，每一件都封存着一段未被察觉的情感碎片。沉默寡言的店主阿洞，实则是一位守护着情感与记忆交汇点的守望者。他能将一缕遗憾纺成丝线，把一份执念熬成糖浆，为迷失的灵魂调制成独特的“情感解药”。少女林晓误入此地，成为唯一能看见情感色彩的人类助手。她在此见证了形形色色的客人——因执念而停滞的作家、被往事纠缠的舞者、对未来迷茫的少年——他们在此留下故事，带走慰藉。林晓也逐渐发现，这家店不仅在治愈他人，更在悄然修补她内心因成长而破碎的角落，连接起她与失踪多年的祖母之间那段尘封的温暖记忆。
一位因车祸失明的年轻画家，在黑暗中变得暴躁易怒，被家人带来求助。阿洞取出一套“情感颜料”，让他通过触摸感知色彩的情绪——红色是炽热的渴望，蓝色是深邃的安宁。他凭借触觉完成了一幅献给母亲的画作，画中色彩竟比失明前更加鲜活，重新点燃了他对生活的热爱。
一位患有阿尔茨海默症的老人，每天都会来杂货店门口徘徊，说自己在等一个叫“小茉莉”的人。阿洞取出“遗忘之钟”，轻轻一摇，时光倒流。原来小茉莉是他已故妻子的昵称，钟声唤回了他们年轻时在茉莉花田定情的场景。老人微笑着离开，从此不再忘记妻子的名字。
知名摇滚歌手因创作灵感枯竭，陷入酗酒与自我怀疑的泥潭。阿洞借给他一支“共鸣音叉”，当他敲响音叉，整个杂货店开始回荡起他内心深处最纯粹的音乐初心。那旋律质朴却震撼，让他回忆起街头卖艺时的单纯快乐。他砸碎酒瓶，带着音叉的余韵，回去写出了回归本真的新专辑。
一个对魔法充满好奇的少年，无意中用一颗玻璃珠破坏了杂货店的情感结界，导致店内物品魔力失控，怨念与遗憾的杂音充斥店铺。阿洞与林晓必须进入结界核心修复裂缝。过程中，林晓发现了店中深埋的一块祖母留下的怀表，原来她的祖母曾是这家店的前任守护者。
一位常年驻外的外交官女儿，在杂货店买了一颗“愿望种子”，种下后许愿父亲能平安归来。不久后，父亲果然提前结束任务回国团聚。但种子发芽长出的藤蔓，却在杂货店的墙上悄悄拼出了她母亲多年来独自抚养她的孤独身影，让她读懂了沉默的母爱。
林晓第一次独自看店时，遇到一个害怕黑暗的小男孩。阿洞远程指导她点亮了“影子灯笼”，灯光将小男孩的影子投射成一只威武的狮子。男孩不再恐惧，反而与自己的“狮子影子”玩得不亦乐乎。林晓也借此克服了自己对孤独的恐惧，迈出了守护杂货店的第一步。